1982年10月，铁道部批准征地11亩筹建口腔临床教学实习基地。

1983年07月，铁道部教育局正式批复同意成立上海铁道医学院口腔医学专业筹备组；同年9月成立口腔医学专业筹备小组。

1984年10月，国家教育部批复同意筹建口腔医学专业。

1985年04月，教育部批准同意上海铁道医学院增设口腔医学专业；同年6月，口腔医学系正式成立，当年向全国招收全日制、五年学制本科生31名。

1986年06月，口腔教学实验辅助楼动工。

1987年12月，上海市卫生局批准成立口腔医学临床教学基地“甘泉医院口腔门诊部”。

1988年06月，上海铁道医学院附属甘泉医院口腔门诊部正式开诊。

1991年08月，上海铁道医学院口腔系87年级学生参加华东六省一市8所高等医学院校口腔修复学联考，获总分第一名。

1992年08月，与东日本学园大学签署教育、学术交流意向书。

1993年10月，面积5991平方米的口腔教学实验楼结构封顶。

1994年06月，与日本九州齿科大学缔结为友好姐妹学校；同年儿童口腔医学专业被列为上海市医学领先专业（B类）项目。

1995年，铁道医学院与铁道学院合并成立上海铁道大学，同年成立上海铁道大学附属口腔医院。

1996年，成立上海铁道大学口腔医学院，同年成立口腔医学研究所和儿童口腔医学研究所，并成为口腔临床医学硕士学位授予单位。

2000年，并入同济大学，更名为同济大学口腔医学院、同济大学口腔医学研究所和儿童口腔医学研究所。经上海市卫生局核准成立同济大学附属口腔医院；儿童口腔科被评为上海市医学领先专业重点学科。同年11月，主办第二届亚洲小儿齿科学术大会，石四箴教授当选为第二届亚洲小儿齿科会长。

2001年，荣获国家级教学成果奖一等奖（六校合作）。

2002年，与同济大学材料学院、生命学院联合招收博士；成为口腔医师执业资格考试基地。

2003年，成为口腔基础医学硕士学位和口腔医学硕士专业学位授予单位。

2004年，实现国家自然科学基金面上项目零的突破；举办国际口腔颌面外科暨第四届《口腔颌面外科杂志》编委会；举办全国口腔种植义齿修复研讨会；与纽约种植中心签订合作协议；成立上海第二医科大学、同济大学口腔医学院临床协作中心；召开首届教职工代表大会。

2005年，经国务院学位委员会批准成为口腔临床医学博士学位授予单位，以及口腔医学一级学科硕士学位授予单位；启动学院整体改建工程。

2006年，圆满完成同济大学教学评估工作，评估结果在全校名列前茅，受到同济大学表彰；口腔医院获上海市三级专科医院群众满意度测评第一名；举行院级重点学科及重点培育学科公开评选活动，推动学院学科水平进一步提升；出台《同济大学口腔医学院规章制度及办公流程汇编》一书，规范各部门工作，使管理更加规范化、合理化、科学化；与井冈山大学医学院口腔医学系及附属医院口腔中心开展对口支援，并签订合作协议。

2007年，学院整体改建工程竣工，新增口腔综合科、老年及残障人口腔科，进一步完善门诊布局；成功举办华东（含部分西南、东北地区）口腔医学院（系）教学研讨会、医院整体改建工程竣工仪式、口腔医学院校友会成立庆典大会；接受教育部本科教学评估检查及市卫生局医院管理年检查，获得专家组高度评价；开展“践行感恩·诚信文化，努力构建和谐学院”系列主题活动。

2008年，获上海市科技进步奖二等奖，实现口腔医学院历史上领的突破；制定同济大学口腔医学院教师、医生三年考核量化指标，为人才队伍建设和学科水平提升提供制度保障；调整口腔医学课程设置、学时分布，使本科生课程及学时安排更加科学化、合理化；与东京医科齿科大学齿学部签约为姊妹学校；开展院训、院徽、院歌征集活动，进一步增强全院凝聚力，构建和谐学院文化；召开共青团同济大学口腔医学院代表大会，选举产生新一届口腔医学院团委书记及团委委员。

2009年，经国务院学位委员会批准成为口腔医学博士专业学位研究生培养单位，在教育部学科评估中排名第六，首次进入前十位；被批准为国家民政部李嘉诚慈善基金会联合赞助的“重生行动”项目上海市唯一承办医疗单位，为贫困地区的唇腭裂患儿进行免费治疗；院青年志愿者服务队积极开展“关爱自闭症患儿”志愿活动，成为上海首家义务为自闭症患儿进行口腔检查和治疗的医院。

2010年，经国务院学位委员会批准成为国家口腔医学一级学科博士学位授予单位，完成口腔医学完整学科体系的建设；获上海市优秀学科带头人计划项目；规划完成口腔医学院整体搬迁，使学院和医院的发展具有了更广阔的空间；成立同济大学口腔转化医学中心，为学院科研工作开创新的局面；完成病房扩建工程，完善麻醉科、检验科等医疗辅助科室，解决历史遗留难题；成为上海市住院医师规范化培训基地；主办“口腔种植专题研讨会”以及“重生行动第二期全国唇腭裂语音康复训练培训班”。

2011年，口腔修复学科被评为国家临床重点专科，在学院发展史上实现零的突破；迎接卫生部“医疗质量万里行”督导专家组检查，在医院及医疗管理等方面得到了专家和卫生部医政司领导的肯定；启动实施“口腔医学卓越人才培养计划”，开展口腔医学院“教学质量工程”建设；举办首届“同济大学口腔医学院未来卓越口腔医师暑期夏令营”，进一步加强与国内外兄弟院校间的沟通交流。

2012年，被批准成为国家口腔医学一级学科博士后流动站；制定医院信息化全面建设方案并启动实施；制订《同济大学口腔医学院章程》，对已有各项规章制度进行汇总、补充和修订，进一步推进规范化、科学化管理；创办“同济口腔报”，进一步深化文化建设内涵。

2013年，顺利通过教育部本科教学审核评估；口腔正畸学科获得国家临床重点专科项目；获闸北区首届领军人才荣誉称号；组织举办《口腔颌面外科杂志》第六届编委会；先后与台湾中山大学口腔医学院、英国谢菲尔德大学口腔医学院签订合作协议；被评选为同济大学“我最喜爱的企业”；荣获第一届全国大学生微公益大赛优秀团队奖(全国百强)；召开同济大学口腔医学院第一届学生代表大会。

2014年，被推选为上海市医师协会口腔科医师分会首届会长单位；入选首批国家级住院医师规范化培训基地，获批成为上海市专科医师规范化培训基地；荣获上海市教学成果奖二等奖；举办口腔医学院建院三十周年校友联谊活动。

2015年，上海牙组织修复与再生工程技术研究中心落户附属口腔医院；口腔种植学科被推选为中华口腔医学会口腔种植专委会主任委员单位；获批并正式启动国家科技支撑计划项目；荣获首届“上海市仁心医师奖”提名奖；青年志愿者服务队“关爱自闭症患儿志愿活动”被授予“青年影响社”会2015上海十大青年公益项目；荣获上海市模范集体；顺利通过口腔医学博士专业学位点专项评估；与美国哥伦比亚大学签订博士研究生联合培养协议；获批成立中共同济大学口腔医学院委员会；组织代表团赴日本开展学术访问交流。

2016年，口腔医学院和附属口腔医院启动并完成行政换届；承办2016国际口腔种植学术会议—浦江论坛；《口腔颌面外科杂志》荣获中国高校优秀科技期刊奖；组织代表团赴美国、加拿大开展学术访问交流；获批成为国家民政部支持的中华口腔医学会“关爱孤独症儿童口腔健康”试点项目的执行医院；自筹经费发放职工房贴；开展“两学一做”学习实践；举办首届“师生文化艺术节”。

2017年，完成中共同济大学口腔医学院委员会委员和中共同济大学口腔医学院纪律检查委员会委员换届；荣获“全国卫生计生系统先进集体”荣誉称号；上海牙组织修复与再生工程技术研究中心通过上海市科委建设验收；顺利通过附属口腔医院经济责任审计工作；顺利通过上海市医院综合督查；推进人事制度改革，完善编制管理体系；承办上海市医师协会口腔科医师分会年度学术会议；启用新版“同济大学附属口腔医院诊疗信息卡”；深化推进党组织建设，完成教工党支部换届，设立党小组，配合大学接受中央巡视组巡视。